En su tercera presidencia de 2001 a 2004 (segunda constitucionalmente hablando), realizó un giro hacia una política izquierdista (con el restablecimiento de las relaciones diplomáticas con Cuba y acercamiento a la Venezuela de Hugo Chávez) lo que le granjeó la antipatía de Estados Unidos y algunos sectores del país apoyados por el secretario para asuntos latinoamericanos Otto Reich. (...)
El 29 de febrero de 2004 Aristide es derrocado y trasladado a sudafrica, haciendo ver como que el Presidente Aristide había renunciado, su cargo como presidente lo toma Boniface Alexandre . Éste solicitó a Naciones Unidas su intervención con el envío de una fuerza militar multinacional (MIFH) integrada por efectivos de Estados Unidos, Francia, Canadá y Chile, con el fin de evitar una masacre nacional, motivada por el descontrol y violencia imperantes. El 30 de abril, al cumplirse el límite de su mandato, esta fuerza sería sustituida la Misión de Naciones Unidas para la Estabilización de Haití (Minustah), la que se sigue desarrollando hasta el día de hoy.
Sobre la salida de Aristide existe hasta hoy gran controversia. Sus partidarios y también -en general- los sectores vinculados a la izquierda, califican los acontecimientos del 29 de febrero de 2004 como un secuestro perpetrado por grandes potencias imperialistas, en contubernio con la derecha haitiana y los ex militares. De esta manera, Aristide habría sido obligado a abandonar su cargo y llevado a la fuerza fuera del país. Otras fuentes indican que la salida de Aristide fue una consecuencia inevitable de su errático proceder, a partir de su segunda mandato presidencial.